卡勒姆·林奇（由迈克尔·法斯宾德饰演）在即将被执行死刑之际苏醒，惊讶地发现自己被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚饰演）选中，参与一项旨在消除人类暴力倾向的计划。借助虚拟现实设备Animus，用户能够体验祖先的记忆。卡勒姆·林奇在机器中被束缚时，意识到自己是生活在西班牙宗教法庭时期的刺客阿圭拉的后裔，他们追寻的是能掌控自由意志的伊甸园苹果。在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯饰演）的强迫下，索菲娅不情愿地操控卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代的踪迹，这一行为对他身心构成威胁。然而，杀手穆萨（迈克尔·威廉姆斯饰演）的暗示让卡勒姆·林奇开始反思自己的行为和动机，人类的自由意志也因此陷入未知的命运……
