白莲教信徒接获满清大臣纳兰元述（甄子丹）下达的针对革命党人的指令后，在广州街头以“扶清灭洋”为口号，肆意破坏洋人的使馆、教堂等场所，甚至对小学生也毫不留情。他们的行径激怒了黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）和梁宽（莫少聪）。在一场医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，察觉到革命党对于救国的深远见解后，他决定伸出援手，协助革命党人摆脱困境。接着，他勇闯白莲教总坛，挑战决胜九宫真人，揭穿迷信的虚假表象，并因痛感国运衰微、民智未开，不惜与纳兰元述进行生死决战。
